As missões religiosas, assim como os fortes militares, contribuíram para fixar marcos da penetração portuguesa na Amazônia. Isso foi fundamental, para a conquista, uma vez que colonização. desse território já era disputada por outros povos. As ordens religiosas que atuaram nesse sentido, na Amazônia, foram a dos Frades de Santo Antônio, Jesuítas, Carmelitas, Mercedários, Capuchos da Piedade e Frades da Conceição da Beira do Minho. Os missionários operaram como "pacificadores" dos indígenas garantindo, dessa forma, o território aos portugueses. Mas, as relações de missionários, moradores e o estado português não eram pacíficas. Houve conflitos acirrados e até banimento.